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O CENAPESQ é integrado pelas seguintes unidades:

a) Conselho Gestor
b) Diretoria
c) Coordenação de Análises
d) Coordenação de desenvolvimento
d.1 Laboratório de Biotecnologia
d.2 Laboratório de Microscopia
d.3 Laboratório de Instrumentação e Análise
d.4 Laboratório de Análise Computacional e Realidades Complexas
d.5 Laboratório de Análise Molecular (em implantação)